คณะวิทยาการจัดการจัดตั้งขึ้นเพื่อจัดการศึกษาของวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ตามมติของสภามหาวิทยาลัย ตั้งแต่เดือนมีนาคม พ.ศ. 2545 และได้ดำเนินการจัดการศึกษาเรื่อยมาจนได้รับการแต่งตั้งเป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร โดยมติของสภามหาวิทยาลัย ตามประกาศมหาวิทยาลัยศิลปากร เรื่อง การจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม 2546 ให้มีฐานะเทียบเท่าคณะวิชา โดยไม่มีการแบ่งส่วนงานภายในแต่อย่างใด 
คณะได้จัดโครงสร้างการบริหารงานภายในตามแผนผังแสดงโครงสร้างการบริหารงาน มีคณบดีซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากสภามหาวิทยาลัยเป็นผู้บังคับบัญชา มีหน่วยย่อยเป็นสาขาวิชา ซึ่งมีหัวหน้าสาขาวิชาและรองหัวหน้าสาขาวิชา ได้รับการแต่งตั้งจากมหาวิทยาลัยเป็นผู้กำกับดูแลทางด้านวิชาการ 
   กรรมการบริหารประจำคณะวิทยาการจัดการได้รับการแต่งตั้งจากมหาวิทยาลัย ทำหน้าที่เช่นเดียวกับคณะกรรมการประจำคณะวิชา นอกจากนี้ คณะฯยังได้แต่งตั้งคณะกรรมการฝ่ายต่างๆ เช่น คณะกรรมการวิชาการ คณะกรรมการประจำหลักสูตรต่างๆ คณะกรรมการกิจการนักศึกษา เป็นต้น คณะวิทยาการจัดการยังไม่มีสำนักงานเลขานุการคณะ แต่ได้ใช้สำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ร่วมกับบุคลากรสายสนับสนุนวิชาการและลูกจ้างชั่วคราวของคณะอีกจำนวนหนึ่งทำหน้าที่แทน